1935年、中国のシャンヤン(旧・奉天)生まれ。幼い頃からピアノを学び、桐朋学園で斎藤秀雄に指揮を学んだ。59年にフランスのブザンソン国際青年指揮者コンクールで第1位を獲得。ヘルベルト・フォン・カラヤンに師事した後、61/62年のシーズンには、レナード・バーンスタインのもとでニューヨーク・フィルハーモニックの副指揮者を務めた。トロント交響楽団、サンフランシスコ交響楽団の音楽監督を務めた後、73年から2002年までボストン交響楽団の音楽監督。02年から10年までウィーン国立歌劇場の音楽監督を務めた。
92年から総監督を務める「サイトウ・キネン・フェスティバル松本」は、15年から「セイジ・オザワ松本フェスティバル(OMF)」として新たなステージへと踏み出した。また00年から若い音楽家の教育を主目的とした小澤征爾音楽塾を開催。05年にはスイスにヨーロッパにおける音楽学生を対象にしたSeiji Ozawa International Academy Switzerlandを設立、さらに11年には、アジア圏の優秀な学生に門戸を広げるためNPO法人小澤国際室内楽アカデミー奥志賀を設立するなど、活動の幅はさらに広がりを見せている。
 08年、文化勲章を受章。10年、ウィーン・フィルハーモニー管弦楽団より「名誉団員」の称号を授与される。11年、第23回高松宮殿下記念世界文化賞を受賞。15年、芸能分野で米国の文化に大きな功績を残した人に贈られるケネディ・センター名誉賞を日本人として初めて受賞。16年、第58回グラミー賞にて、小澤征爾指揮『ラヴェル:歌劇〈こどもと魔法〉』(14年発売)が、クラシック部門「ベスト・オペラ・レコーディング」を受賞。同年4月にはベルリン・フィルハーモニー管弦楽団名誉団員の称号を授与された。
 水戸芸術館では2013年、吉田秀和初代館長の後を継いで館長に就任。同時に水戸室内管弦楽団の総監督となり、その運営にあたっている。

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