水戸市は、日本の近代化の幕開けに多大な貢献を果たした歴史都市である。江戸時代(1603〜1867)、徳川幕府最後の将軍として明治維新への道を開いた徳川慶喜公などの偉人、日本三大名庭園の一つ「偕楽園」、江戸時代最大の藩校で多くの指導者、知識人を輩出した「弘道館」といった史跡に恵まれている。水戸市は、そのような先進的精神を受け継ぎ、1990年に市制100周年を記念して、コンサートホール、劇場、美術ギャラリーを有する複合文化施設「水戸芸術館」を設立した。
水戸室内管弦楽団(以下MCO)は1990年、水戸芸術館の専属楽団として、初代館長・吉田秀和の提唱により誕生した。日本を代表する指揮者である小澤征爾が、2013年水戸芸術館の館長に就任すると同時にMCOの総監督となり、その運営にあたっている。メンバーは、ソリストとして、またオーケストラの首席奏者として、世界的な活躍を続ける21名の日本人音楽家および5名の外国人音楽家たち。水戸芸術館コンサートホールATMで開催される定期演奏会は、小澤征爾をはじめ指揮者を迎える演奏会とともに、指揮者を置かないアンサンブルによる演奏会にも力を入れている。音楽家たちは、演奏会の度に、世界各地から水戸芸術館に集まり、集中的にリハーサルを行う。
 日本人作曲家への委嘱も積極的に行っており、 一柳慧〈汽水域〉、 林光〈悲歌〉(95年度尾高賞受賞)、平義久〈彩雲〉 などの作品が初演されている。また、ソニークラシカル、フィリップスからCD9枚、NHKエンタープライズからブルーレイ/DVD2枚が発売されており、いずれも高い評価を受けている。
 1996年からMCOは活動の舞台を水戸以外に広げ、東京・サントリーホールや大阪・フェスティバルホールなど日本各地で演奏会を行っている。98年、2001年には小澤征爾の指揮でヨーロッパ公演を行い、世界有数の室内管弦楽団との評価を確立した。08年6月の第3回ヨーロッパ公演は、指揮者なしで実施。ミュンヘン、フィレンツェ、マドリードの3都市で公演を行い、その実力を絶賛された。

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